Nogle protokoller vedrører enkelte landes særstilling (f.eks. protokol nr. 32 om den danske sommerhusregel), mens andre er fælles bestemmelser af mere teknisk karakter og er derfor placeret udenfor den egentlige traktattekst.

Protokoller er, i modsætning til erklæringer, juridisk bindende og kan kun ændres ved en traktatændring.

• PROTOKOL (nr. 1) OM DE NATIONALE PARLAMENTERS ROLLE I DEN EUROPÆISKE UNION
  
  
• PROTOKOL (nr. 2) OM ANVENDELSE AF NÆRHEDSPRINCIPPET OG PROPORTIONALITETSPRINCIPPET
  
  
• PROTOKOL (nr. 3) VEDRØRENDE STATUTTEN FOR DEN EUROPÆISKE UNIONS DOMSTOL
  
  
• PROTOKOL (nr. 4) OM STATUTTEN FOR DET EUROPÆISKE SYSTEM AF CENTRALBANKER OG DEN EUROPÆISKE CENTRALBANK
  
  
• PROTOKOL (nr. 5) VEDRØRENDE VEDTÆGTERNE FOR DEN EUROPÆISKE INVESTERINGSBANK
  
  
• PROTOKOL (nr. 6) OM FASTLÆGGELSE AF HJEMSTEDET FOR DEN EUROPÆISKE UNIONS INSTITUTIONER OG FOR VISSE AF UNIONENS ORGANER, KONTORER, AGENTURER OG TJENESTER
  
  
• PROTOKOL (nr. 7) VEDRØRENDE DEN EUROPÆISKE UNIONS PRIVILEGIER OG IMMUNITETER
  
  
• PROTOKOL (nr. 8) VEDRØRENDE ARTIKEL 6, STK. 2, I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNION OM UNIONENS TILTRÆDELSE AF DEN EUROPÆISKE KONVENTION TIL BESKYTTELSE AF MENNESKERETTIGHEDER OG GRUNDLÆGGENDE FRIHEDSRETTIGHEDER
  
  
• PROTOKOL (nr. 9) OM RÅDETS AFGØRELSE OM GENNEMFØRELSE AF ARTIKEL 16, STK. 4, I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNION OG ARTIKEL 238, STK. 2, I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNIONS FUNKTIONSMÅDE DELS MELLEM DEN 1. NOVEMBER 2014 OG DEN 31. MARTS 2017 OG DELS FRA DEN 1. APRIL 2017
  
  
• PROTOKOL (nr. 10) OM PERMANENT STRUKTURERET SAMARBEJDE ETABLERET VED ARTIKEL 42 I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNION
  
  
• PROTOKOL (nr. 11) AD ARTIKEL 42 I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNION
  
  
• PROTOKOL (nr. 12) OM PROCEDUREN I FORBINDELSE MED UFORHOLDSMÆSSIGT STORE UNDERSKUD
  
  
• PROTOKOL (nr. 13) OM KONVERGENSKRITERIERNE
  
  
• PROTOKOL (nr. 14) OM EUROGRUPPEN
  
  
• PROTOKOL (nr. 15) OM VISSE BESTEMMELSER VEDRØRENDE DET FORENEDE KONGERIGE STORBRITANNIEN OG NORDIRLAND
  
  
• PROTOKOL (nr. 16) OM VISSE BESTEMMELSER VEDRØRENDE DANMARK
  
  
• PROTOKOL (nr. 17) VEDRØRENDE DANMARK
  
  
• PROTOKOL (Nr. 18) VEDRØRENDE FRANKRIG
  
  
• PROTOKOL (nr. 19) OM SCHENGENREGLERNE SOM INTEGRERET I DEN EUROPÆISKE UNION
  
  
• PROTOKOL (nr. 20) OM ANVENDELSE AF VISSE ASPEKTER AF ARTIKEL 26 I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNIONS FUNKTIONSMÅDE PÅ DET FORENEDE KONGERIGE OG PÅ IRLAND
  
  
• PROTOKOL (nr. 21) OM DET FORENEDE KONGERIGES OG IRLANDS STILLING FOR SÅ VIDT ANGÅR OMRÅDET MED FRIHED, SIKKERHED OG RETFÆRDIGHED
  
  
• PROTOKOL (nr. 22) OM DANMARKS STILLING
  
  
• PROTOKOL (nr. 23) OM MEDLEMSSTATERNES FORBINDELSER MED TREDJELANDE MED HENSYN TIL PASSAGE AF DE YDRE GRÆNSER
  
  
• PROTOKOL (nr. 24) OM ASYL FOR STATSBORGERE I DEN EUROPÆISKE UNIONS MEDLEMSSTATER
  
  
• PROTOKOL (nr. 25) OM DELT KOMPETENCE
  
  
• PROTOKOL (nr. 26) OM TJENESTEYDELSER AF ALMEN INTERESSE
  
  
• PROTOKOL (nr. 27) OM DET INDRE MARKED OG KONKURRENCE
  
  
• PROTOKOL (nr. 28) OM ØKONOMISK, SOCIAL OG TERRITORIAL SAMHØRIGHED
  
  
• PROTOKOL (nr. 29) OM OFFENTLIG RADIO- OG TV-VIRKSOMHED I MEDLEMSSTATERNE
  
  
• PROTOKOL (nr. 30) OM ANVENDELSEN AF DEN EUROPÆISKE UNIONS CHARTER OM GRUNDLÆGGENDE RETTIGHEDER I POLEN OG I DET FORENEDE KONGERIGE
  
  
• PROTOKOL (nr. 31) OM IMPORT TIL UNIONEN AF OLIEPRODUKTER RAFFINERET PÅ DE NEDERLANDSKE ANTILLER
  
  
• PROTOKOL (nr. 32) OM EJENDOMSERHVERVELSE I DANMARK
  
  
• PROTOKOL (nr. 33) AD ARTIKEL 157 I TRAKTATEN OM DEN EUROPÆISKE UNIONS FUNKTIONSMÅDE
  
  
• PROTOKOL (nr. 34) OM DEN SÆRLIGE ORDNING FOR GRØNLAND
  
  
• PROTOKOL (nr. 35) OM ARTIKEL 40.3.3 I IRLANDS FORFATNING
  
  
• PROTOKOL (nr. 36) OM OVERGANGSBESTEMMELSER
  
  
• PROTOKOL (nr. 37) OM DE FINANSIELLE KONSEKVENSER AF UDLØBET AF EKSF-TRAKTATEN OG OM KUL- OG STÅLFORSKNINGSFONDEN